中科院新疆分院成立于1957年7月30日,作为中国科学院在少数民族自治区设立的唯一一所分院,创立之初即定位为新疆经济、社会、科技发展服务。中科院新疆分院是中国科学院在新疆的派出机构,主要职能有:承办中科院交办的有关事务;协助中科院进行所在地区研究所领导班子建设;在授权范围内代表中国科学院与地方开展合作;为所在地区研究所提供服务。中科院新疆分院系统包括4个独立法人单位,即中科院新疆分院机关、新疆生态与地理研究所、新疆理化技术研究所、新疆天文台。现有国家级重点实验室2个(含培育),中科院重点实验室4个,自治区重点实验室8个,国家工程研究中心1个,国家工程技术研究中心1个,自治区工程技术研究中心6个,国家级野外台站3个,中科院级野外台站7个,国家级科普教育基地2个,海外研究基地4个、野外站12个。形成了十二个特色研究领域和方向:绿洲生态与绿洲农业,荒漠环境与生态修复,干旱区生物多样性,中亚成矿域与地质成矿,中亚自然资源与生态环境;资源化学、材料物理与化学、多语种信息技术、环境工程与技术;射电天文与技术、光学天文与技术应用、应用天文。